Ngài tên thật là Francesco de Jassu, gọi là Javier, sinh tại lâu đài Navarre (Tây Ban Nha). Ngài là con thứ sáu trong gia đình. Cha ngài đậu bằng tiến sĩ luật và phục vụ cho vị lãnh chúa người Pháp Jean d’Albert. Mười tám tuổi, ngài sang học tại Paris và trở thành giáo sư triết học và thần học. Mười năm sau, năm 1534, ngài từ bỏ nghề giảng dạy trong Giáo Hội và gia nhập nhóm người sau này sẽ trở thành những vị sáng lập Dòng Tên, cùng với thánh Ignatiô Loyola và Pierre Favre người xứ Savoie. Ngày 15 tháng 8, lễ Đức Mẹ Lên Trời, trước phần mộ của thánh Denis ở Montmartre, Phanxicô Xaviê cùng với Ignati Loyola, Pierre Favre và bốn người bạn tuyên thệ sống nghèo khó và thanh khiết, rồi cùng lên đường đi Đất Thánh để cải hoá dân ngoại. Sau chặng dừng chân ở Venise –tại đây Phanxicô được thụ phong linh mục– vì không thể lên tàu đi Palestina (Venise đang lâm chiến với người Thổ), nên bảy người bạn đi tới Rôma để phục vụ Đức giáo hoàng.
Năm 1541, Xaviê được Ignatiô cử đi truyền giáo ở miền Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha, thay thế một hội viên đang bị bệnh không thể đi được. Thế là ngày 6 tháng 5 năm 1542, sau một năm hành trình, Phanxicô cập bến Goa (Ấn Độ thuộc Bồ Đào Nha) trong tư cách khâm mạng và đặc sứ của Đức giáo hoàng. Mười một năm truyền giáo rất sôi động đang chờ đợi ngài: dạy gáo lý, rửa tội, chăm sóc bệnh nhân, xét xử… Nhiều cộng đoàn Kitô hữu được thiết lập, cùng với nhiều trường học, chủng viện được mở khắp nơi.
Những lá thư thánh Phanxicô Xaviê viết cho thánh Ignatiô được phổ biến trên báo chí đã làm cả châu Âu phấn khởi trước công cuộc truyền giáo. Chúng ta có thể theo dõi những lộ trình của ngài như sau: từ Goa đến Travancore (nam Ấn Độ), rồi lại trở về Goa, trước khi đi qua Cochin (Kerala), rồi đến Tuticorin (cực nam). Năm 1545, ngài rời Ấn Độ để qua Malacca (Mã Lai), tại đây lần đầu tiên ngài gặp những người Nhật Bản, rồi ngài đi đến quần đảo Moluques (quần đảo của Inđônêxia). Tại đảo này, cho tới hôm nay, chúng ta vẫn còn gặp được những cộng đoàn Kitô giáo phồn thịnh đã từng được chính thánh Phan-xi-cô Xaviê rao giảng Tin Mừng lần đầu tiên.
Khao khát mang đức tin Kitô đến mọi nơi, ngày 15 tháng 8 năm 1549 ngài đi tàu đến Kagoshima (đảo Kyushu), Nhật Bản. Năm 1551, một cộng đoàn Kitô giáo nhỏ bé được lập ở Yamaguchi. Các nhà thông thái Nhật Bản khuyên ngài: “Hãy bắt đầu chinh phục Trung Hoa”. Thế là ngài rời Nhật Bản, quay trở lại Goa để chuẩn bị một phái đoàn đến hoàng đế Trung Hoa. Được sự giới thiệu của một vị phó vương, và nhờ các thương gia châu Âu giúp đỡ, ngài thành công đặt chân lên đảo nhỏ Sơn Trang, nằm ngoài khơi tỉnh Quảng Đông. Mùa đông vừa bắt đầu, nhà truyền giáo vĩ đại bị kiệt lực vì các cơn sốt và đã qua đời ngay lúc ngài sắp sửa đặt chân lên lục địa ở sát bên cạnh. Ngài tắt thở trong khi cầu khẩn Chúa Ba Ngôi, danh thánh Chúa Giêsu và Đức Mẹ, tay cầm một cây nến. Ngài chỉ mới bốn mươi sáu tuổi. Trong mười một năm tám tháng truyền giáo, bằng những phương tiện của thời ấy, ngài đã đi khoảng tám mươi ngàn kilômét, chỉ với một mục đích duy nhất là rao giảng Tin Mừng và thiết lập Hội Thánh.
Thánh Phanxicô Xaviê qua đời ngày 3 tháng 12 năm 1552 trên tiểu đảo Thượng Xương, ngoài khơi bờ biển Quảng Đông (Trung Quốc). Ngài được Đức Giáo Hoàng Grégoire XV phong thánh cùng thời với thánh Ignatiô Loyola, năm 1622, được ghi tên vào lịch Rôma năm 1623 và được tuyên phong là bổn mạng Ấn Độ và các nước Viễn Đông năm 1748. Năm 1927, ngài được Đức Giáo Hoàng Piô XI tuyên phong là bổn mạng các xứ truyền giáo, cùng với thánh nữ Têrêxa Hài Đồng Giêsu.
“Lạy Chúa, Chúa đã sai thánh Phanxicô đi rao giảng để kêu mời các dân tộc Á Châu đón nhận Tin Mừng. Xin cho các tín hữu được nhiệt thành truyền giáo như thánh nhân, và cho Giáo Hội được hân hoan đón nhận nhiều con cái.” (Lời nguyện nhập lễ – Lễ thánh Phanxicô Xavie linh mục)
